Ludzkie koronawirusy - autor: Krzysztof Pyrć z Zakładu Mikrobiologii, Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii, Uniwersytet Jagielloński, Kraków

Chcesz wydać pracę doktorską, habilitacyjną czy monografię? Zrób to w Wydawnictwie Borgis – jednym z najbardziej uznanych w Polsce wydawców książek i czasopism medycznych. W ramach współpracy otrzymasz pełne wsparcie w przygotowaniu książki – przede wszystkim korektę, skład, projekt graficzny okładki oraz profesjonalny druk. Wydawnictwo zapewnia szybkie terminy publikacji oraz doskonałą atmosferę współpracy z wysoko wykwalifikowanymi redaktorami, korektorami i specjalistami od składu. Oferuje także tłumaczenia artykułów naukowych, skanowanie materiałów potrzebnych do wydania książki oraz kompletowanie dorobku naukowego.

Poniżej zamieściliśmy fragment artykułu. Informacja nt. dostępu do pełnej treści artykułu tutaj
© Borgis - Postępy Nauk Medycznych 10/2011, s. 869-875
*Joanna Nowak1, Agnieszka Pacholczyk1, Elżbieta Radzikowska2, Robert Jagiełło3, Zofia Zwolska1, Ewa Augustynowicz-Kopeć1
Wyniki badań mikrobiologicznych i rozpoznania kliniczne u chorych z wysiękiem opłucnowym hospitalizowanych w IGiChP w okresie 01.01.2002-31.12.2010 r.
Microbiological results and clinical diagnosis in patients with pleural effusion hospitalized in IGiChP during 01.01.2002-31.12.2010
1Zakład Mikrobiologii, Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie
Kierownik Zakładu: prof. nadzw. dr hab. med. Ewa Augustynowicz-Kopeć
2III Klinika Chorób Płuc, Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie
Kierownik Zakładu: prof. dr hab. med. Kazimierz Roszkowski-Śliż
3Klinika Chirurgii, Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie
Kierownik Kliniki: prof. dr hab. med. Tadeusz Orłowski
Streszczenie
Wstęp. W warunkach fizjologicznych jama opłucnej to zamknięta, jałowa przestrzeń, która jednak ulega łatwo kolonizacji, gdy gromadzi się w niej płyn. Stanowi wówczas idealne środowisko dla rozwoju i szerzenia się zakażeń bakteryjnych zarówno tlenowych, jak i beztlenowych.
Cel pracy. Celem pracy była retrospektywna analiza gatunków drobnoustrojów wyhodowanych z płynów z opłucnej pobranych od pacjentów leczonych w IGiChP w okresie 01.01.2002-31.12.2010 oraz określenie profilu ich lekooporności w powiązaniu ze stwierdzonym rozpoznaniem lekarskim.
Materiał i metody. Analizie poddano wyniki 2512 posiewów bakteriologicznych płynów z opłucnej. Hodowle prowadzono, na płynnych pożywkach w warunkach tlenowych i beztlenowych. Badania wykonywano zgodnie z ogólnie przyjętymi procedurami obowiązującymi w laboratoriach mikrobiologicznych. W opracowaniu uwzględniono specyfikę oddziałów, na których leczeni byli pacjenci w IGiChP.
Wyniki. Z 547 (21,8%) hodowli płynów z opłucnej wyizolowano drobnoustroje patogenne. Analiza uzyskanych wyników wykazała dominację Gram-dodatniej flory tlenowej. Wśród ziarniaków najczęściej izolowano: Staphylococcus aureus (20,3%), Staphylococcus coagulase-negative (19,5%) oraz Streptococcus viridans group (15,3%). Gram-ujemne pałeczki z rodz. Enterobacteriaceae oraz pałeczki niefermentujące stanowiły odpowiednio: 16,3 i 12,1%. Bakterie beztlenowe wyizolowano jedynie od 13 chorych. Fenotyp MRSA (22 szczepy) i ESBL (14 szczepów) występował tylko na oddziałach zabiegowych. Wśród pałeczek niefermentujących 16 szczepów było opornych na karbapenemy. Wykryto 6 szczepów Streptococcus spp. o obniżonej wrażliwości na penicylinę.
Wnioski. Przedstawiona w pracy ocena lekooporności wyhodowanych szczepów bakteryjnych umożliwia wykorzystanie i zastosowanie uzyskanych wyników w leczeniu empirycznym zakażeń opłucnej na oddziałach zabiegowych i zachowawczych IGiChP.
Summary
Introduction. In health pleural cavity is a closed, sterile space that becomes readily colonized when the fluid accumulates. Provides the ideal environment for the development and spread of in both aerobic and anaerobic bacterial infections.
The aim of this study was a retrospective analysis of microbial species isolated from the pleural fluid of patients treated in IGiChP during 01.01.2002-31.12.2010 and to determine their drug resistance profile in conjunction with medical diagnosis.
Material and methods. We analyzed the results of bacteriological cultures of 2512 pleural fluid. Pleural fluid samples were incubated at blood culture bottles in aerobic and anaerobic condition. The examinations were conducted in compliance with the current procedures, generally accepted in microbiological laboratories. The study includes the specificity of IGiChP departments on which the patients were treated.
Results. In 547 (21.8%) of pleural fluid samples the pathogenic microorganisms were isolated. Analysis of results showed a predominance of Gram-positive aerobic flora. The most frequently isolated cocci were: Staphylococcus aureus (20.3%), Staphylococcus coagulase-negative (19.5%) and Streptococcus viridans group (15.3%). Enterobacteriaceae and non-fermenting gram-negative bacilli occurred as follows: 16.3 and 12.1%. Anaerobic bacteria were isolated only from 13 patients. MRSA phenotype (22 strains) and ESBLs (14 strains) occurred only on the surgical wards. Sixteen strains of non-fermenting bacilli were resistant to carbapenems. We observed six strains of Streptococcus spp. with reduced susceptibility to penicillin.
Conclusions. Our analysis of drug resistance strains of bacteria allows the use and apply the results obtained in the empirical treatment of pleural infection in IGiChP departments.
Wstęp
U osób zdrowych w jamie opłucnej znajduje się kilka ml płynu. Zwiększenie jego ilości ponad fizjologiczną wartość związane jest z toczącym się procesem chorobowym płuc, opłucnej lub innych narządów (niewydolność krążenia, marskość wątroby, zespół nerczycowy) (1, 2). Przenikanie płynu do jamy opłucnowej zależy od wielkości ciśnienia hydrostatycznego, osmotycznego i tkankowego. Zaburzenie któregokolwiek z tych czynników powoduje gromadzenie się płynu w opłucnej.
Płyn opłucnowy może mieć charakter przesiękowy lub wysiękowy. Etiologia wysięków w ostatnich latach uległa zmianie. Do niedawna najczęstszą przyczyną wysięku opłucnowego było gruźlicze zapalenie opłucnej. Badania epidemiologiczne wskazują, że sytuacja taka utrzymuje się jeszcze w krajach ubogich oraz o wysokich wskaźnikach występowania zakażenia wirusem HIV (3, 4). Jednak, obecnie w większości krajów europejskich i w USA wysięki opłucnowe wywołane są głównie przez 4 czynniki: procesy nowotworowe (35%), bakteryjne zapalenie płuc (20%), gruźlicę (20%) i zatory płucne (12%). Rzadziej przyczyną może być: reumatoidalne zapalenie stawów oraz choroby autoimmunologiczne (3, 5).
Szacuje się, że w USA, rocznie u 4 mln osób rozwija się bakteryjne zapalenie płuc i około 20% chorych wymaga z tego powodu hospitalizacji (6). Wysięk parapneumoniczny, pojawia się w jamie opłucnej u 20-40% chorych (7, 8, 9). U takich pacjentów obserwuje się dużo cięższy przebieg choroby i wyższą śmiertelność niż u osób, u których nie dochodzi do powstania wysięku (6, 7). Infekcyjny wysięk pojawia się zazwyczaj jako powikłanie zapalenia płuc. Może przebiegać od niegroźnego klinicznie i niepowikłanego płynu, aż do rozwoju ropniaka opłucnej wymagającego długotrwałego leczenia (4, 9). Gromadzenie się ropnego wysięku może rozwijać się także w następstwie zabiegu chirurgicznego, urazu klatki piersiowej lub procedur jatrogennych oraz jako infekcja pierwotna (10, 11).
W Polsce z powodu braku miarodajnych danych trudno jest ustalić częstość występowania różnych chorób z wysiękiem w jamie opłucnej (5).
W niniejszej pracy, analizie poddano gatunki drobnoustrojów, ich lekooporność oraz rozpoznania lekarskie w chorobach opłucnej. Materiały do badań przesyłane były zarówno z oddziałów, na których leczeni byli pacjenci z chorobami nowotworowymi układu oddechowego, jak i z oddziałów chirurgicznych, na których dużą grupę stanowili chorzy z rozpoznanymi ropniakami opłucnej.
Cel pracy
Celem pracy była retrospektywna analiza gatunków drobnoustrojów wyhodowanych z płynów z opłucnej pobranych od pacjentów leczonych w IGiChP oraz określenie profilu ich lekooporności w powiązaniu ze stwierdzonym rozpoznaniem lekarskim.
Materiał
Analizie poddano wyniki posiewów bakteriologicznych płynów z opłucnej pobranych od 2512 chorych, z wysiękiem opłucnowym, leczonych w IGiChP w okresie 01.01.2002-31.12.2010 r.
W opracowaniu uwzględniono specyfikę oddziałów, na których leczeni byli pacjenci w IGiChP i podzielono je na dwie grupy: oddziały zachowawcze i zabiegowe. Do pierwszej grupy zaliczono oddziały, na których hospitalizowani są pacjenci nowotworowi oraz z chorobami chronicznymi (POCHP, astma, mukowiscydoza): Klinika Chorób Wewnętrznych Klatki Piersiowej oraz Kliniki Chorób Płuc. Do oddziałów zabiegowych zaliczono Klinikę Chirurgii, Oddział Anestezjologii i Intensywnej Terapii oraz Intensywną Terapię Pneumonologiczno-Kardiologiczną. Pacjenci tam przebywający poddawani byli różnego rodzaju zabiegom inwazyjnym (operacje, intubacje, zakładanie wkłuć centralnych, drenaże, fenestracje).
Metody
Hodowle prowadzono na płynnych pożywkach w warunkach tlenowych i beztlenowych, w aparacie BACTEC 9120 (BD) do 5 dni. Identyfikację wyhodowanych szczepów oraz oporność na antybiotyki i chemioterapeutyki wykonano w systemie półautomatycznym Phoenix (BD). Dla drobnoustrojów o wysokich wymaganiach odżywczych (Streptococcus pneumoniae, Streptococcus viridans group, Haemophilus influenzae, bakterie beztlenowe) profil lekooporności badano metodą dyfuzyjno-krążkową. Wykryte mechanizmy oporności potwierdzano za pomocą E-testów i/lub metodą dyfuzyjno-krążkową.
Interpretację wyników przeprowadzano zgodnie z zaleceniami CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute) i rekomendacjami Krajowego Ośrodka Referencyjnego ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów.
Wyniki
W analizowanym okresie przebadano 2512 płynów z opłucnej przysłanych do diagnostyki w Pracowni Bakteriologii Ogólnej. Z 547 (21,8%) hodowli wyizolowano drobnoustroje patogenne, z pozostałych 1965 (78,2%) materiałów nie uzyskano wzrostu drobnoustrojów (tab. 1).
Tabela 1. Wyniki badań mikrobiologicznych płynów z opłucnej pobranych od pacjentów z oddziałów zabiegowych i zachowawczych IGiChP, hospitalizowanych w okresie 01.01.2002-31.12.2010 r.
Typ oddziału szpitalnegoLiczba pacjentówHodowla (%)
Flora Gram-dodatnia i Gram-ujemnaBrak wzrostu
Oddziały zabiegowe1453431 (29,7)1022 (70,3)
Oddziały zachowawcze1059116 (10,9)943 (89,1)
Ogółem2512547 (21,8)1965 (78,2)
Analiza uzyskanych wyników drobnoustrojów wyizolowanych z płynów z opłucnej, wykazała dominację tlenowych ziarniaków Gram-dodatnich: Staphylococcus aureus (111 szczepów – 20,3%), Staphylococcus coagulase-negative (107 szczepów – 19,5%), Streptococcus viridans group (84 szczepy – 15,3%), Enterococcus spp. (36 szczepów – 6,6%). Kolejną, co do częstości występowania grupę stanowiły Gram-ujemne pałeczki z rodziny Enterobacteriaceae (89 szczepy – 16,3%) oraz pałeczki niefermentujące (66 szczepów – 12,1%). Bakterie beztlenowe stanowiły jedynie 2,4% (13 szczepów) wyhodowanych drobnoustrojów patogennych. Rodzaj oraz liczbę szczepów bakteryjnych, wyhodowanych z płynów z opłucnej, przedstawiono na rycinie 1.
Ryc. 1. Rodzaj i liczba drobnoustrojów wyizolowanych z płynów opłucnej pobranych od pacjentów hospitalizowanych w IGiChP w okresie 01.01.2002-31.12.2010 r.
Wrażliwość na najważniejsze w klinicznej praktyce antybiotyki oraz chemioterapeutyki wyhodowanych gronkowców i enterokoków przedstawiała się następująco: wszystkie wyizolowane szczepy Staphylococcus spp. i Enterococcus spp. były wrażliwe na glikopeptydy oraz linezolid.
Szczepy Staphylococcus coagulase-negative oporne na metycylinę (MRCNS) stanowiły ponad 50% wszystkich gronkowców koagulazo-ujemnych (oddziały zabiegowe – 39 szczepów, oddziały zachowawcze – 18 szczepów).
Metycylinooporny Staphylococcus aureus (MRSA) występował jedynie na oddziałach zabiegowych – 22 szczepów (19,8%). Oporność na aminoglikozydy dla gronkowców koagulazo-ujemnych wahała się od 11% na oddziałach zachowawczych do ok. 46% na oddziałach zabiegowych, dla szczepów Staphylococcus aureus odpowiednio 29 i 43%. Oporność na chinolony (ciprofloksacyna) wśród szczepów Staphylococcus spp. była niska i nie przekraczała 20% na obu typach oddziałów.
Wśród wyhodowanych 36 gatunków Enterococcus spp., 61,1% szczepów wykazywało wysoką opornością na antybiotyki aminoglikozydowe (fenotyp HLAR). Ten mechanizm oporności występował jedynie na oddziałach zabiegowych i dotyczył głównie gatunku Enterococcus faecium.
Oporność na antybiotyki wśród szczepów pałeczek Gram-ujemnych była bardzo zróżnicowana – większa w przypadku pałeczek niefermentujących niż należących do rodziny Enterobacteriaceae.
Pałeczki niefermentujące, które stanowią poważny problem kliniczny i terapeutyczny, należały do dwóch gatunków: Pseudomonas aeruginosa (40 szczepów – 7,3%) i Acinetobacter baumannii complex (26 szczepy – 4,8%). Głównie izolowane były z oddziałów zabiegowych (90,1%).
Pałeczki Pseudomonas aeruginosa były oporne na karbapenemy w 20% (8 szczepów), natomiast Acinetobacter baumannii complex w 30,8% (8 szczepów). Wśród szczepów Pseudomonas aeruginosa zaobserwowano dużą oporność na ciprofloksacynę – 35% (14 szczepów) oraz aminoglikozydy – 30% (12 szczepów). Najniższa oporność dotyczyła ceftazydymu i piperacyliny z tazobaktamem (17,5% – 7 szczepów). Pałeczki z rodzaju Acinetobacter charakteryzowały się dużą opornością na badane leki (80%).
Gram-ujemne pałeczki z rodziny Enterobacteriaceae wyhodowane z płynów z opłucnej należały do różnych gatunków: Escherichia coli (26 szczepy), Klebsiella pneumoniae (21 szczepów), Klebsiella oxytoca (6 szczepów), Enterobacter cloaceae (12 szczepów), Proteus mirabilis (9 szczepów), Serratia marcescens (6 szczepów), Morganella moraganii (5 szczepów) oraz Citrobacter koseri (4 szczepy).
Wszystkie szczepy pałeczek z rodziny Enterobacteriaceae charakteryzowały się dużą opornością na aminopenicyliny i ureidopenicyliny. Oporność zarówno na aminoglikozydy oraz chinolony nie przekraczała 30%. Wytwarzanie enzymów o rozszerzonym spektrum substratowym typu ESBL wykryto u 14 szczepów (15,7%) wyhodowanych od chorych leczonych na oddziałach zabiegowych.
Szczepy o obniżonej wrażliwości na penicylinę wśród Streptococcus viridans group oraz Streptococcus pneumoniae stanowiły 6,1% (6 szczepów). Mechanizm oporności na makrolidy, linkozamidy i streptograminy B (MLSB) wykryto u ponad 30% szczepów wyizolowanych z materiałów od chorych z obu typów oddziałów.

Powyżej zamieściliśmy fragment artykułu, do którego możesz uzyskać pełny dostęp.

Płatny dostęp do wszystkich zasobów Czytelni Medycznej

Aby uzyskać płatny dostęp do pełnej treści powyższego artykułu oraz WSZYSTKICH około 7000 artykułów Czytelni, należy wprowadzić kod:

Kod (cena 30 zł za 30 dni dostępu) mogą Państwo uzyskać, przechodząc na tę stronę.
Wprowadzając kod, akceptują Państwo treść Regulaminu oraz potwierdzają zapoznanie się z nim.

Piśmiennictwo
1. Aktualne wytyczne British Thoracic Society: Diagnostyka jednostronnego płynu w jamie opłucnej u dorosłych. Med Prakt 2003; 12: 95-114.
2. Wesołowski S: Postępowanie diagnostyczne w przypadkach płynu w jamie opłucnej. Nowa Klinika 1995; 1: 39-40.
3. Ferrer J, Rold?n J: Clinical management of patient with pleural effusion. Eur J Radiol 2000; 34: 76- 86.
4. Cofta Sz: Infekcyjne choroby opłucnej. Przew Lek 2006; 2: 71-73.
5. Kacprzak G, Kołodziej J: Diagnostyka nowotworowego wysięku opłucnowego. Pol Przegl Chir 2003; 75: 1011-1017.
6. Light RW: The management of parapneumonic effusion and empyema. Pneumon 2002; 2: 127-132.
7. Light RW: Parapneumonic Effusions and Empyema. Proc Am Thorac Soc 2006;3: 75-80.
8. Chudzicka A, Chciałowski A: Parapneumoniczny wysięk opłucnowy. Pol Arch Med Wewn 2007; 117(1-2): 44-48.
9. Porcel JM, Light RW: Parapneumonic pleural effusions and empyema in adults: current practice. Rev Clin Esp 2009; 209: 485-494.
10. Chapman SJ, Davies RJ: The management of pleural space infections. Respirology 2004; 9: 4-11.
11. Kołodziej J, Marciniak M: Ropniak opłucnej – wciąż aktualny problem kliniczny. Pol Przegl Chir 2003; 75: 294 306.
12. Krenke R: Wysięk parapneumoniczny i ropniak opłucnej. [W:] Choroby opłucnej. Droszcz W. (red.). PZWL, Warszawa 1997.
13. Davies HE, Davies RJ, Davies CW: Management of pleural infection in adults: British Thoracic Society pleural disease guideline 2010. Thorax 2010; 65: ii41-ii53.
14. Malhotra P, Aggarwal AN, Agarwal R et al.: Clinical characteristics and outcomes of empyema thoracis in 117 patients: A comparative analysis of tuberculous vs. non-tuberculous aetiologies. Respir Med 2007; 101: 423-430.
15. Lisboa T, Watere GW, Lee YC: Pleural infection: Changing bacteriology and its implications. Respirology 2011; 16: 598-603.
16. Alfageme I, Muňoz F, Peňa N, Umbria S: Empyema of Thorax in Adults. Etiology, microbiologic findings, and management. Chest 1993; 103: 839-843.
17. Skouras V, Polychronopoulos V, Light RW: Bacteriology of pleural infection. Pneumon 2009; 1: 54-64.
18. Light RW, Girard WM, Jenkinson SG, George RB: Parapneumonic Effusion. Am J Med 1980; 69: 507-512.
19. Bouza E: Antibiotic resistance and therapeutic options in lower respiratory tract infections. Int J of Antimicrob Agents 1999; 11: 3- 6.
20. Płusa T: Podział i charakterystyka makrolidów. Pol Merk Lek 2008; 35: 403-407.
21. Izdebski J: Oporność Streptococcus pneumoniae na penicylinę i inne antybiotyki β-laktamowe. Post Mikrobiol 2005; 44: 201-210.
22. Hryniewicz W: Współczesna antybiotykoterapia: spojrzenie mikrobiologa. Mikrobiol Med 1998; 2: 23-29.
23. Brook I, Frasier EH: Aerobic and anaerobic microbiology of empyema: a retrospective review in two military hospitals. Chest 1993; 103: 1502-1507.
24. Maskell NA, Batt S. Hedley EL et al.: The bacteriology of pleural infection by genetic and standard methods and its mortality significance. Am J Respir Crit Care Med 2006; 174: 817-823.
25. Zmudziński M, Gospodarek E, Gierlotka K: Mechanizmy oporności pałeczek Acinetobacter spp. na antybiotyki nie ß-laktamowe. Post Microbiol 2007; 46: 335-342.
26. Tsang KY, Leung WS, Chan VL et al.: Complicated parapneumonic effusions and empyema thoracis: microbiology and predictors of adverse outcomes. Hong Kong Med J 2007; 13: 178-186.
27. Falagas ME, Siakavellas E: Bacteroides, Prevotella and Porphyromonas species: a review of antibiotic resistance and terapeutic options. Int J Antimicrob Agents 2000; 15: 1-9.
28. Dancewicz M, Szymankiewicz M, Bella M et al.: Bakteryjna kolonizacja drzewa oskrzelowego u chorych na raka płuca. Pneumonol Alergol Pol 2009; 77: 242-247.
29. Durnaś B, Dzierżanowska D: Zakażenia u pacjentów onkologicznych z neutropenią – etiologia, diagnostyka mikrobiologiczna, leczenie. Wiad Lek 2006; 59(7-8): 506-511.
30. Szymankiewicz M, Kowalewski J, Dancewicz M: Analiza bakteriologiczna i mikologiczna materiału pobranego z dolnych dróg oddechowych u chorych na nowotwór złośliwy. Pol Med Lek 2006; 21: 218-222.
otrzymano: 2011-08-18
zaakceptowano do druku: 2011-09-14

Adres do korespondencji:
*Joanna Nowak
Zakład Mikrobiologii IGiChP
ul. Płocka 26, 01-138 Warszawa
tel.fax: (22) 431-21-82
e-mail: j.nowak@igichp.edu.pl

Postępy Nauk Medycznych 10/2011
Strona internetowa czasopisma Postępy Nauk Medycznych