Sposoby pomiaru i oceny monetarnej zużytych zasobów różnią się zamierzoną precyzją. Na jednym krańcu skali są sposoby, które wymagają bezpośredniego policzenia i wyceny wszystkich zasobów zużytych w czasie leczenia każdego z osobna pacjenta. Po przeciwnej stronie znajdują sposoby bardziej ogólne, jak oszacowanie kosztu zdarzenia - np. hospitalizacji z powodu zawału serca - przez przypisanie mu średniego kosztu pochodzącego z taryfikatorów opłat. Pierwszy z tych sposobów odpowiada metodzie mikrokosztów (micro-costing) drugi - metodzie kosztów ogólnych (gross-costing). Wybór pomiędzy metodą kosztów ogólnych a metodą mikrokosztów musi znajdować kompromis pomiędzy wymaganą w analizie precyzją oszacowania kosztów a trudnościami i wydatkami związanymi z uzyskaniem tak szczegółowych danych.

Metoda mikrokosztów opiera się na szczegółowych danych o wszystkich zużytych w danej interwencji zasobach. Polega na identyfikacji wszystkich zużytych zasobów, sporządzeniu ich listy, ustaleniu kosztu jednostkowego a następnie obliczeniu kosztu. Metoda mikrokosztów często związana jest z gromadzeniem pierwotnych danych w ramach randomizowanych badań klinicznych lub badań obserwacyjnych.

Metoda kosztów ogólnych opiera się na bardziej zagregowanych danych o zużytych zasobach. Najpierw należy zidentyfikować sekwencję "ekonomicznie istotnych" zdarzeń związanych z daną interwencją. Zdarzenia te mogą zawierać jeden lub kilka następujących składników: hospitalizacja, konsultacje ambulatoryjne, leki. Po oszacowaniu kosztów tych składników, są one sumowane. Procesy pomiaru i oceny zasobów, które w metodzie mikrokosztów są wyraźnie oddzielone, w metodzie kosztów ogólnych są bardziej zintegrowane. Często w metodzie tej korzysta się z dostępnych cen administracyjnych. Koszty oszacowane przy pomocy tej metody są wykorzystywane często w modelach decyzyjnych. Charakterystycznymi cechami metody kosztów ogólnych są: prostota, praktyczność i (zamierzona) niewrażliwość na szczegóły specyficzne dla charakterystyki pacjenta lub miejsca badania.

Wybór danej metod zależy od typu przeprowadzanego badania. Metody mikrokosztów i kosztów ogólnych mogą też być stosowane w jednym badaniu. Ogólnie, im większy jest wpływ danego składnika kosztów na koszt całkowity lub inkrementalny, tym większa powinna być precyzja oszacowania tego składnika kosztów. Metoda mikrokosztów jest więc bardziej odpowiednia dla tych elementów porównywanych interwencji, które najprawdopodobniej różnią się pod względem kosztów oraz dla interwencji i zdarzeń występujących w teraźniejszości. Metoda kosztów ogólnych jest akceptowana, gdy użycie bardziej dokładnej metody mikrokosztów nie wpływa znacząco na wynik analizy. Precyzja ma zazwyczaj mniejsze znaczenie w obliczaniu kosztów ponoszonych w przyszłości.

Doboru danej metody do poszczególnych sytuacji dokonuje przede wszystkim osoba przeprowadzająca analizę. Ale wybór danej metody zobowiązuje do przestrzegania standardowych zaleceń i korzystania ze standardowych źródeł danych. Standaryzacja polega więc nie na wskazaniu konkretnej metody, której należy użyć, ale na standaryzacji postępowania po dokonaniu wyboru.

Standardowe wartości są to parametry używane do kalkulacji niektórych kosztów jednostkowych. Standardowymi wartościami są na przykład: liczba dni pracy w ciągu roku oraz średnie roczne zarobki, roczna liczba godzin pracy zatrudnionych w sektorze opieki zdrowotnej i ich roczne zarobki, średnia odległość do szpitala (służąca do kalkulacji kosztów transportu), stopa dyskontowania, stopa inflacji.

Dzięki zastosowaniu standardowych wartości można zmniejszyć różnice w oszacowaniu kosztów jednostkowych w poszczególnych badaniach. Użycie standardowych wartości jest zalecane w badaniach przedstawianych we wnioskach o refundację nowych produktów.

Stosowanie standardowych kosztów jednostkowych odgrywa bardzo ważną rolę w standaryzacji ocen ekonomicznych programów zdrowotnych. Mimo wielu na ogół dobrze znanych ograniczeń eliminuje ono różnice pomiędzy badaniami, wynikające z zastosowania różnych cen.

Stosowanie standardowych kosztów jednostkowych jest zalecane w przypadku ocen ekonomicznych przedstawianych przy ubieganiu się o refundację. Niemniej jednak dla jednostek zużytych zasobów, mających znaczący udział w koszcie całkowitym lub inkrementalnym, może być niezbędne zastosowanie bardziej precyzyjnych metod (np. bezpośredniej kalkulacji kosztu jednostkowego).

Korzystanie ze standardowej listy kosztów jednostkowych jest ograniczone przez rodzaj zasobów, dla których koszty jednostkowe zostały skalkulowane. Lista standardowych kosztów powinna zawierać co najmniej standardowe koszty jednostkowe:

1) zasobów związanych z opieką ambulatoryjną

2) zasobów związanych z opieką szpitalną,

3) leków stosowanych w szpitalach,

4) jednorodnych grup pacjentów (dane uzyskane z badań kosztów przeprowadzanych w wybranych szpitalach).

Lista standardowych kosztów jednostkowych powinna być publikowana i co roku aktualizowana, aby uwzględnić wszystkie dokonywane w tym zakresie zmiany.

W procesie obliczania kosztów wyróżnia się pięć etapów:

1) określenie perspektywy i horyzontu czasowego,

2) wybór kategorii kosztów,

3) identyfikacja jednostek zużytych zasobów,

4) pomiar zużytych zasobów,

5) monetarna ocena jednostek zużytych zasobów.

W każdym etapie należy dokonać wyboru jednej z proponowanych alternatyw, definiując w ten sposób określony sposób postępowania. Wybór ten zależy od celu i charakteru badania. Ponieważ wybory w późniejszych etapach zależą od wyborów dokonanych w etapach wcześniejszych, etapy proponowane powyżej należy przejść w porządku chronologicznym.

Perspektywa i horyzont czasowy badania kosztów musi być taki sam jak horyzont czasowy i perspektywa oceny ekonomicznej, której elementem jest badanie kosztów. Z wyborem perspektywy i horyzontu czasowego badania kosztów ściśle związane są następne etapy, w których identyfikuje się kategorie kosztów, brane pod uwagę w badaniu, oraz definiuje się sposób ich pomiaru i oceny.

Koszty dzieli się na następujące kategorie: koszty bezpośrednie medyczne i niemedyczne, koszty pośrednie w obrębie sektora świadczeń zdrowotnych i poza nim, oraz koszty niewymierne. Wybór kategorii kosztów, które zostaną uwzględnione w obliczeniach, zależy od wybranej perspektywy badania.

Jeśli zdecydowano się na perspektywę płatnika publicznego, w analizie nie uwzględnia się kosztów pośrednich oraz tych kosztów bezpośrednich, które nie są pokrywane z budżetu płatnika publicznego. Jeśli dokonano wyboru perspektywy społecznej, w analizie należy uwzględnić wszystkie koszty bezpośrednie (medyczne i niemedyczne) oraz koszty pośrednie poza sektorem opieki zdrowotnej (koszty utaconej produktywności). Według projektu polskich wytycznych przeprowadzania analiz farmakoekonomicznych w analizach farmakoekonomiznych koszty pośrednie w obrębie sektora usług zdrowotnych (dodatkowe koszty medyczne w czasie zyskanych lat życia) są brane pod uwagę tylko wtedy, gdy ich związek z badaną interwencją medyczną nie ulega wątpliwości, a koszty niewymierne z powodu braku odpowiednich metod pomiaru nie są uwzględniane lub też są alternatywnie oceniane jako zmiana w jakości życia.

Identyfikacja jednostek zużytych zasobów wiążę się z koniecznością określenia, które zasoby są odpowiednie dla badanego problemu (choroby, interwencji) oraz jaki stopień dokładności musi być zastosowany (które zasoby należy mierzyć i oceniać oddzielnie). Jeśli na przykład u prawie wszystkich chorych korzystających z porady specjalistycznej wykonuje się takie same testy diagnostyczne, nie jest konieczne wycenianie każdego testu oddzielnie. Lepiej jest włączyć koszt testów diagnostycznych w cenę jednostkową porady specjalistycznej. Tylko w przypadkach, gdy testy diagnostyczne wykonywane w czasie porad specjalistycznych różnią się znacząco pomiędzy poszczególnymi pacjentami, warto zidentyfikować te testy jako oddzielne jednostki.

Zaleca się najpierw dokonanie dokładnego opisu danej procedury w celu określenia, które jednostki zasobów powinny być uwzględnione w analizie, a następnie podjęcie decyzji, które elementy powinny być mierzone i oceniane oddzielnie. W celu zidentyfikowania jednostek mających największy wpływ na koszt całkowity i inkrementalny należy przeprowadzić analizę wrażliwości. Analiza wrażliwości służy również do wskazania tych kosztów, które powinny być mierzone i oceniane oddzielnie oraz szczegółowo (metodą mikrokosztów), oraz tych jednostek, dla których wystarcza metoda kosztów ogólnych.