Ludzkie koronawirusy - autor: Krzysztof Pyrć z Zakładu Mikrobiologii, Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii, Uniwersytet Jagielloński, Kraków

Zastanawiasz się, jak wydać pracę doktorską, habilitacyjną lub monografię? Chcesz dokonać zmian w stylistyce i interpunkcji tekstu naukowego? Nic prostszego! Zaufaj Wydawnictwu Borgis – wydawcy renomowanych książek i czasopism medycznych. Zapewniamy przede wszystkim profesjonalne wsparcie w przygotowaniu pracy, opracowanie dokumentacji oraz druk pracy doktorskiej, magisterskiej, habilitacyjnej. Dzięki nam nie będziesz musiał zajmować się projektowaniem okładki oraz typografią książki.

Poniżej zamieściliśmy fragment artykułu. Informacja nt. dostępu do pełnej treści artykułu tutaj
© Borgis - Postępy Nauk Medycznych 4/2015, s. 274-176
*Robert Kuthan1, 2, Łukasz Chabros1, 2, Anna Sawicka-Grzelak1, 2, Grażyna Młynarczyk1, 2
Identyfikacja pałeczek Gram-ujemnych z rodziny Enterobacteriaceae przy użyciu spektrometrii masowej MALDI-TOF
Identification of rod-shaped Gram-negative bacilli of Enterobacteriaceae family by MALDI-TOF mass spectrometry
1Department of Medical Microbiology, The Infant Jesus Teaching Hospital, Warsaw
Head of Division: Anna Sawicka-Grzelak, PhD
2 Chair and Department of Medical Microbiology, Medical University of Warsaw
Head of Department: Associate Professor Grażyna Młynarczyk, PhD
Streszczenie
Wstęp. Spektrometria masowa z użyciem desorpcji/jonizacji laserowej wspomaganej matrycą z analizatorem czasu przelotu (ang. matrix assisted laser ionization-time of flight mass spectrometry – MALDI-TOF MS) jest nową metodą szybkiej identyfikacji drobnoustrojów wyhodowanych z materiałów klinicznych.
Cel pracy. Celem pracy było porównanie wyników identyfikacji szczepów rodziny Enterobacteriaceae uzyskanych za pomocą aparatu MALDI Biotyper oraz Vitek 2.
Materiał i metody. Przeprowadzono jednoczesną identyfikację 313 pałeczek Gram-ujemnych z rodziny Enterobacteriaceae za pomocą dwóch analizatorów – MALDI Biotyper oraz Vitek 2.
Wyniki. Wyniki identyfikacji do gatunku uzyskane w aparacie MALDI Biotyper oraz Vitek 2 były zgodne dla 84,98% (n = 266) szczepów. W przypadku 13,42% (n = 42) szczepów zgodność wyników w obu systemach dotyczyła identyfikacji pałeczek Gram-ujemnych do rodzaju. Wyniki rozbieżne uzyskano w przypadku 4 szczepów (1,28%).
Wnioski. Technologia MALDI-TOF MS stanowi dobre narzędzie do identyfikacji bakterii pochodzących z materiałów klinicznych, zapewniając uzyskanie wiarygodnych wyników w czasie nieosiągalnym dla biochemicznych metod identyfikacji drobnoustrojów.
Summary
Introduction. Matrix assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry is a new rapid method for identification of microorganisms isolated from clinical specimens.
Aim. The aim of the study was to compare the results of identification Enterobacteriaceae strains obtained by using MALDI Biotyper and Vitek 2.
Material and methods. Identification of 313 Enterobacteriaceae isolates obtained from clinical specimens was performed simultaneously by using MALDI Biotyper and Vitek 2.
Results. In the case of 84.98% of the strains (n = 266) the same effectiveness of identification to the species level was obtained using both analyzers. 13.42% strains (n = 42) have been equally identified only to the genus level by both analyzers. Only in the case of 4 strains (1.28%) the results were divergent.
Conclusions. MALDI TOF-MS technology provides an excellent tool for identification of bacteria from clinical specimens. It allows obtaining reliable results within time unattainable for biochemical methods of microorganisms identification.
Introduction
Matrix assisted laser ionization-time of flight mass spectrometry MALDI-TOF MS is a new method used in microbiological diagnostics, which allows shortening the time of identification of pathogen from the culture obtained from the moment of its growth. The principle of MALDI-TOF MS is based on the analysis of a unique protein profile, specific for a particular species, to allow diagnosis. This technique requires a small number of cells of microorganisms, it is possible to start analysis at the time of obtaining visible growth on the medium, which is usually possible within 16-24 hours after seeding material. Currently, there are cases reported of the use of MALDI-TOF MS in rapid microbiological diagnostic testing, wherein identification of species was performed with cultures incubated for approximately 4-6 hours (1).
Sample analysis using MALDI-TOF MS starts by connecting the test culture with a matrix solution on a surface of specially-designed slides. Depending on the manufacturer, up to 96 samples can be placed on one slide. After the application of the test strain, usually using a disposable plastic loop, less frequently, a toothpick or a pipette tip, and adding the matrix, the slide is left to dry and then to be placed in the analyzer. A single sample preparation and control time does not take more than a minute. A number of processes take place in the analyzer. First, absorption of laser energy by the matrix, which is then converted into heat energy. Under the influence of the heat generated a small amount of the matrix is abruptly heated and then undergoes desorption (evaporation) together with the test material. At the same time, under the influence of the laser, the remainder of the matrix is ionized, and the protons resulting in the process combine with the test substance. The resulting charged particles are suppressed in the electromagnetic field. The time of flight (TOF) of particles to the detector is dependent on the mass-to-charge ratio (m/z). Thus, particles with a smaller m/z reach the detector sensor more quickly than those with higher molecular mass and charge. In this way, a mass spectrum is obtained, which is then compared with the standard mass spectra contained in the database, as developed on the basis of reference strains. Databases containing reference spectra are developed by apparatus manufacturers and are being continuously expanded. Some systems allow you to manually add some standard spectra (2).
Aim
The purpose of the study was to compare the results of the identification of Enterobacteriaceae strains obtained by MALDI Biotyper apparatus (Bruker Daltonics) and a microbiological analyzer Vitek 2 (bioMèrieux).
Material and methods
The study involved 313 strains of Gram-negative Enterobacteriaceae cultured from clinical specimens derived from patients of the Infant Jesus Teaching Hospital in Warsaw.
Bacterial cultures were handled for 18-24 hours on the following bases: Columbia Agar with 5% sheep erythrocytes and MacConkey. Identification of microorganisms was performed simultaneously on two devices: a microbiological analyzer Vitek 2 (bioMèrieux), based on the biochemical characteristics of bacteria (identification cards of the ID-GN), and using the MALDI-TOF MALDI Biotyper (Bruker Daltonics), based on mass spectrometry (MS) with time-of-flight measurement. Alpha-cyano-4-hydroxycinnamic acid (Bruker Daltonics), dissolved in a mixture composed of: water, trifluoroacetic acid, acetonitrile, ratios of 19:1:20 (all HPLC grade reagents (Sigma)), was used as matrix for the MS analyzer.
Results

Powyżej zamieściliśmy fragment artykułu, do którego możesz uzyskać pełny dostęp.

Płatny dostęp do wszystkich zasobów Czytelni Medycznej

Aby uzyskać płatny dostęp do pełnej treści powyższego artykułu oraz WSZYSTKICH około 7000 artykułów Czytelni, należy wprowadzić kod:

Kod (cena 30 zł za 30 dni dostępu) mogą Państwo uzyskać, przechodząc na tę stronę.
Wprowadzając kod, akceptują Państwo treść Regulaminu oraz potwierdzają zapoznanie się z nim.

Piśmiennictwo
1. Bhatti MM, Boonlayangoor S, Beavis KG et al.: Rapid identification of positive blood cultures by MALDI-TOF using pre-warmed agar plates. J Clin Microbiol 2014; pii: JCM.01788-14 [Epub ahead of print]. 
2. Setty CR: MALDI-TOF MS for rapid identification of clinically relevant bacterial and fungal isolates. Indian J Med Microbiol 2014; 32(4): 423-424.
3. Manji R, Bythrow M, Branda JA et al.: Multi-center evaluation of the VITEK® MS system for mass spectrometric identification of non-Enterobacteriaceae Gram-negative bacilli. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2014; 33(3): 337-346.
4. De Respinis S, Monnin V, Girard V et al.: MALDI-TOF VITEK MS for the rapid and accurate identification of dermatophytes on solid cultures. J Clin Microbiol 2014; pii: JCM.02199-14 [Epub ahead of print].
5. Lagacè-Wiens P: Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF/MS) – based identification of pathogens from positive blood culture bottles. Methods Mol Biol 2015; 1237: 47-55. doi: 10.1007/978-1-4939-1776-1_5.
6. Kuthan RT, Chabros Ł, Sawicka-Grzelak A et al.: Zastosowanie spektrometrii masowej MALDI-TOF w rutynowej medycznej diagnostyce bakteriologicznej. Zakażenia 2013; 1: 87-90.
7. Kierzkowska M, Majewska A, Kuthan RT et al.: A comparison of Api 20A vs MALDI-TOF MS for routine identification of clinically significant anaerobic bacterial strains to the species level. J Microbiol Methods 2013; 92(2): 209-212.
8. Hong SK, Chang BK, Song SH et al.: Use of MALDI-TOF MS technique for rapid identification of bacteria from positive blood cultures. Indian J Med Microbiol 2014; 32(4): 419-422.
9. Verroken A, Defourny L, Lechgar L et al.: Reducing time to identification of positive blood cultures with MALDI-TOF MS analysis after a 5-h subculture. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2014; Sep 25 [Epub ahead of print].
otrzymano: 2015-02-27
zaakceptowano do druku: 2015-03-28

Adres do korespondencji:
*Robert Kuthan
Department of Medical Microbiology
The Infant Jesus Teaching Hospital
ul. Chałubińskiego 5, 02-004 Warszawa
tel. +48 791-743-798
rkuthan@yahoo.com

Postępy Nauk Medycznych 4/2015
Strona internetowa czasopisma Postępy Nauk Medycznych

Pozostałe artykuły z numeru 4/2015: